Gewässer
Aufgrund des geologischen Untergrundes sowie der Lage des Naturparks Thüringer Wald quer zur Hauptwetterrichtung Europas und der damit verbundenen hohen Niederschlagsmenge hat sich im Vergleich zu anderen Mittelgebirgen ein äußerst dichtes Fließgewässernetz herausgebildet. Deshalb wird das Gebirge nach beiden Seiten von tiefen Tälern durchzogen und wird damit zur Wasserscheide zwischen Elbe, Weser und Rhein. Als Zeugnis dessen steht nahe Friedrichshöhe der Dreistromstein.
Quellen
Obwohl jeder Fluss, der ins Meer fließt, aus vielen Nebenflüssen gespeist wird und daher entsprechend viele Quellgebiete hat, wird meist nur eine Quelle pro Fluss festgelegt. Als eigentlich Quelle wird der Ort bezeichnet, wo das Grundwasser auf natürliche Weise aus dem Boden hervortritt. Hier fühlen sich Insektenlarven besonders wohl. Im Thüringer Gebirge entspringen aufgrund der reichen Niederschläge viele ergiebige Quellen. Vor allem an flächigen Sickerquellen tritt das Wasser aus dem Untergrund zutage und nimmt seinen Lauf. Im Wald sind viele Quellen eher unscheinbar.
Bergbäche
Unterhalb der Quellbereiche fließen mehrere Quellrinnsale zusammen und bilden den Bergbach. Die oberen Bachabschnitte Die oberen Bachabschnitte haben eine starke Strömung und sind meist von groben Steinen und Geröll gezeichnet. Farne und Moose wachsen an den feuchten, felsigen Ufern. Kleinlebewesen mit Krallen, Saugnäpfen, geplätteten Körpern, steinbeschwerten Köchern und Haltefäden haben sich dieser Umgebung angepasst und trotzen hier dem Druck des Wassers. Dazu zählen u.a. Strudelwürmer, Napfschnecken und Köcherfliegenlarven. Auch der Feuersalamander laicht in fischfreien Bachabschnitten.
Talsperren
Der Wasserreichtum der Quellen wird in zahlreichen Talsperren gespeichert, die frisches, klares Trinkwasser liefern. Andere Talsperren sorgen für eine kühle Erfrischung an heißen Sommertagen, wie die Lütsche-Talsperre oder der Bergsee Ratscher. Weiterhin ist Energie aus Wasserkraft, wie zum Beispiel aus dem größten deutschen Wasserkraftwerk in Goldisthal im oberen Schwarzatal sehr gefragt. Am Dreistromstein bei Siegmundsburg grenzen die Einzugsgebiete von Elbe, Weser und Rhein aneinander.
Moore
Moore sind zwar keine Gewässer, aber Lebensräume, die stark durch Wasser geprägt sind. Durch den hohen Niederschlag im Thüringer Wald sind sie permanent wassergesättigt. Dadurch entsteht Sauerstoffmangel im Boden, sodass der vollständige Abbau der abgestorbenen Pflanzen verhindert wird. Die abgestorbenen Pflanzenteile entwickeln sich im Laufe der Zeit zu einer Torfschicht. Die Moore im Naturpark gehören zu den ältesten Schutzgebieten Deutschlands. Häufig sind es Regenmoore, die nur durch die ausgiebigen Niederschläge versorgt werden. Dabei lassen die Torfmoose sie circa 1 mm pro Jahr in die Höhe wachsen, weshalb sie Hochmoore genannt werden. Das Scheidige Wollgras und der Rundblättrige Sonnentau sind Charakterarten der Hochmoore. Nur wenige Gebiete am Rennsteig wurden durch Torfabbau, Entwässerung und Aufforstung nicht vollständig zerstört. Ihre Unwirtlichkeit machte sie zu Orten von Sagen und bösen Geistern. Die große Bedeutung des Moorkörpers für den Wasserhaushalt und unser Klima erkannte man erst sehr spät. Sie binden viel Kohlenstoff und bieten einzigartige Lebensräume für hochspezialisierte, seltene Arten. Das Schützenbergmoor bei Oberhof wurde mit einem Steg für Besucher zugänglich gemacht und auch in Friedrichshöhe gibt es einen Moorlehrpfad.


